Назва «Шупашкар» у перекладі з чуваського означає «фортеця Шубаша» — так, за чуваською легендою, звали старого, який вперше оселився біля джерела на місці майбутнього міста. Чобоксари – Російська транскрипція чуваського слова.
Так, за версією деяких вчених, Слово походить від тюркського «су баші», що означає глава війська. Отже, чуваське назва означає місто (зміцнене місце) воєначальника.
Назва селища відома з 1469 року у формі Чебоксар, походить від гідроніма річки Чебоксарки, в гирлі якої знаходиться місто.