Назва селища відома з 1469 року у формі Чебоксар, походить від гідроніма річки Чебоксарки, в гирлі якої знаходиться місто. На початку XX століття у вживанні закріпилася форма множини – Чебоксари.
Назва «Шупашкар» у перекладі з чуваської означає «фортеця Шубаша» — так, за чуваською легендою, звали старого, який уперше оселився біля джерела на місці майбутнього міста. Чобоксари – російська транскрипція чуваського слова.
Так, за версією деяких вчених, Слово походить від тюркського «су баші», що означає глава війська. Отже, чуваське назва означає місто (зміцнене місце) воєначальника.
Ці три силуети на чолі щита герба Чебоксар означають існування міста Чобоксари у часі: у минулому, теперішньому та майбутньому. Три чотирипроменеві восьмикутні зірки, що вінчають герб міста – графічний вираз девізу Державного герба Чуваської Республіки: "Були, є і будемо".